Primero tienes que configurar WGET para usar tu proxy. Edita el archivo de configuración de WGET (por lo general /etc/wgetrc) y coloca esto:

http_proxy = http://myProxy:port/
ftp_proxy = http://myProxy:port/
use_proxy = on

Ahora, cuando IEs4Linux te pregunte por opciones avanzadas, dile 'n' para configurarlas. Cuando te pregunte por las banderas de wget, entra tu usuario de proxy:

--proxy-user=myUsername --proxy-passwd=myPassword